依照著作權法、商標法或專利法行使權利之正當行為，不適用本法之規定，公平交易法第45條有明文。故而如專利權人行使正當行使其專利權時，不適用於公平交易法之規定，所謂行使權利，專利法明文者，指專利法第58條第1及2項(新型專利第120條準用)｢發明專利權人，除本法另有規定外，專有排除他人未經其同意而實施該發明之權。物之發明之實施，指製造、為販賣之要約、販賣、使用或為上述目的而進口該物之行為。」，及設計專利第136條第1項｢設計專利權人，除本法另有規定外，專有排除他人未經其同意而實施該設計或近似該設計之權。」即指專利權人對於侵權行為人得為之侵害排除請求權。 惟，專利權人雖可合法行使其專利權，但如手段不正當，仍有違反公平交易法之虞，最常見者，就是發函警告對手之行為，如果行使不當，可能構成公平交易法第20條「限制競爭或妨礙公平競爭之虞」；或同法第22條「虛偽不實或引人錯誤之表示或表徵」；或同法第24條「陳述或散布足以損害他人營業信譽之不實情事」；或同法第25條「其他足以影響交易秩序之欺罔或顯失公平之行為」等不公平競爭行為之違法。 為此，公平交易委員會於2015年2月16日修正頒布「公平交易委員會審理事業發侵害著作權、商標權或專利權警告函案件處理原則」(下稱警告函處理原則)，該警告函處理準則定義所謂的警告函，指「警告函；或敬告函；或律師函；或公開信；或廣告啟事；或其他足使其自身或他事業之交易相對人或潛在交易相對人知悉之書面」(警告函處理原則第2點)，故若專利權人依專利法之規定向對手發出侵害排除之警告函，該警告函之內容應如何？才得以認為屬於權利之正當行使。 所謂權利之正當行使，參照警告函處理準則第3點及4點，包含：「經法院一審判決確屬侵害者；或經著作權審議及調解委員會調解認定確屬著作權受侵害者；或已送請專業機構鑑定，取得鑑定報告；或發函前事先或同時通知可能侵害之製造商、進口商或代理商，請求排除侵害；或警告函內敘明權利內容、範圍，及受侵害之具體事實等」，因此，如果警告函之內容未符合警告函處理原則第3點及第4點之要件，即有警告函處理原則第5點之法律效果之適用，有違反公平交易法妨礙或限制競爭之不公平行為之虞。
警告函處理原則第2點：本處理原則所稱事業發警告函行為，係指事業以下列方式對其自身或他事業之交易相對人或潛在交易相對人，散發他事業侵害其所有著作權、商標權或專利權之行為者：(一)警告函。(二)敬告函。(三)律師函。(四)公開信。(五)廣告啟事。(六)其他足使其自身或他事業之交易相對人或潛在交易相對人知悉之書面。 
警告函處理原則第3點：事業踐行下列確認權利受侵害程序之一，始發警告函者，為依照著作權法、商標法或專利法行使權利之正當行為：(一)經法院一審判決確屬著作權、商標權或專利權受侵害者。(二)經著作權審議及調解委員會調解認定確屬著作權受侵害者。(三)將可能侵害專利權之標的物送請專業機構鑑定，取得鑑定報告，且發函前事先或同時通知可能侵害之製造商、進口商或代理商，請求排除侵害者。事業未踐行第一項第三款後段排除侵害通知，但已事先採取權利救濟程序，或已盡合理可能之注意義務，或通知已屬客觀不能，或有具體事證足認應受通知人已知悉侵權爭議之情形，視為已踐行排除侵害通知之程序。 
警告函處理原則第4點：事業踐行下列確認權利受侵害程序，且無公平交易法第十九條、第二十一條、第二十二條、第二十四條規定之違法情形，始發警告函者，為依照著作權法、商標法或專利法行使權利之正當行為：(一)發函前已事先或同時通知可能侵害之製造商、進口商或代理商請求排除侵害。(二)於警告函內敘明著作權、商標權或專利權明確內容、範圍，及受侵害之具體事實(例如系爭權利於何時、何地、如何製造、使用、販賣或進口等)，使受信者足以知悉系爭權利可能受有侵害之事實。事業未踐行前項第一款排除侵害通知，但已事先採取權利救濟程序，或已盡合理可能之注意義務，或前項通知已屬客觀不能，或有具體事證足認應受通知人已知悉侵權爭議之情形，視為已踐行排除侵害通知之程序。
警告函處理原則第5點：事業未踐行第三點或第四點規定之先行程序，逕發警告函，且為足以影響交易秩序之欺罔或顯失公平行為者，構成公平交易法第二十五條之違反。事業雖踐行第四點規定之先行程序而發警告函，但內容涉有不公平競爭情事者，本會將視具體個案，檢視有無違反公平交易法第二十條第一款、第二十條第三款、第二十二條、第二十四條、第二十五條之規定。