有關刑事有罪判決確定後，刑罰之執行，依據刑事訴訟法第457條第1項本文之規定｢執行裁判由為裁判法院之檢察官指揮之。」至於受刑人或其法定代理人或配偶以檢察官執行之指揮為不當者，得向諭知該裁判之法院聲明異議」為刑事訴訟法第484條所明文，亦即受刑人或其法定代理人或其配偶如認為檢察官就刑之執行或其方法之指揮如有不當，得就檢察官之裁定向法院聲明異議，此時該裁定實際上就是檢察官就執行所為之處分，當然可聲明異議。例如檢察官對於經判決付保安處分而患有疾病之人，應先命檢查身體，認定是否罹有急性傳染病或重大疾病，或有畸形、殘廢、痼疾等不適於強制工作之情形，以判斷得否命令解送執行，或應聲請法院裁定免其處分之執行，否則即屬執行之指揮不當，自得聲明異議。惟如犯罪收容人因罹犯疾病聲請保外醫治或失請假釋，是否許可，依據監獄行刑法第58條第1項、第81條之規定屬於監督機關，即法務部之權限，則前總統陳水扁聲請保外就醫，依據監獄行刑法之規定應向法務部聲請，而非依據刑事訴訟法之規定，向檢檢察官聲請，且如法務部不准為保外就醫，乃是第一次對受刑人為否准保外就醫之行政處分，應依據訴願法與行政訴訟法之規定，提起行政爭訟，而非依據刑事訴訟法第484條之規定向法院聲明異議，亦不得於異議被駁回後提起抗告。此可參釋字第691號解釋｢假釋與否，關係受刑人得否停止徒刑之執行，涉及人身自由之限制。現行假釋制度之設計，係以受刑人累進處遇進至二級以上，悛悔向上，而與假釋要件相符者，經監獄假釋審查委員會決議後，由監獄報請法務部予以假釋(刑法第七十七條、監獄行刑法第八十一條規定參照)。是作成假釋決定之機關為法務部，而是否予以假釋，係以法務部對受刑人於監獄內所為表現，是否符合刑法及行刑累進處遇條例等相關規定而為決定。受刑人如有不服，雖得依據監獄行刑法上開規定提起申訴，惟申訴在性質上屬行政機關自我審查糾正之途徑，與得向法院請求救濟並不相當，基於憲法第十六條保障人民訴訟權之意旨，自不得完全取代向法院請求救濟之訴訟制度(本院釋字第六五三號解釋參照)。從而受刑人不服行政機關不予假釋之決定，而請求司法救濟，自應由法院審理。然究應由何種法院審理、循何種程序解決，所須考慮因素甚多，諸如爭議案件之性質及與所涉訴訟程序之關聯、即時有效之權利保護、法院組織及人員之配置等，其相關程序及制度之設計，有待立法為通盤考量決定之。在相關法律修正前，鑑於行政機關不予假釋之決定具有行政行為之性質，依照行政訴訟法第二條以下有關規定，此類爭議由行政法院審理。」