【法律溯及既往，原則上禁止；不真正溯及既往，原則上容許】按法律不溯及既往原則，乃基於法安定性及信賴保護原則所生，用以拘束法律適用及立法行為之法治國家基本原則，其意義乃指新訂生效之法規，對於法規生效前「已發生事件」，原則上不得適用。所謂「事件」，指符合特定法規構成要件之全部法律事實；所謂「發生」，指該全部法律事實在現實生活中完全具體實現而言。又新法規範之法律關係如跨越新、舊法施行時期，當特定法條之所有構成要件事實於新法生效施行後始完全實現時，則無待法律另為明文規定，本即應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法，根據新法定其法律效果。是除非立法者另設「法律有溯及適用之特別規定」，使新法自公布生效日起向公布生效前擴張其效力；或設「限制新法於生效後適用範圍之特別規定」，使新法自公布生效日起向公布生效後限制其效力，否則適用法律之司法機關，有遵守立法者所定法律之時間效力範圍之義務，尚不得逕行將法律溯及適用或以分段適用或自訂過渡條款等方式，限制現行有效法律之適用範圍(釋字第577號及第620號解釋理由書參照）。次按非真正溯及既往，乃指法規變更或廢止對將來生效，此種生效方式原則上受承認，但應顧及利害關係者信賴利益之保護，通常作法由法規本身定過渡條款，減輕人民因法律狀態改變所受之損害(參照釋字第525號解釋意旨)。換言之，行政法規公布施行後，制定或發布之機關依法定程序予以修改或廢止時，除法規預先定有施行期間或因情事變更而停止適用，不生信賴保護問題外，其因公益等原因之必要廢止法規或修改內容，致人民客觀上具體表現其因信賴而生之實體法上利益受損害，應採取合理之補救措施，或訂定過渡期間之條款，俾減輕損害。因此，對於尚未終結持續進行之基礎事實，因法規命令修訂而致利害關係人權益受到影響，雖非前述之溯及既往(法規不能溯及既往)，又屬前揭學理上之「不真正溯及既往」，該法規命令自應兼顧受新修訂法規命令影響之利害關係人信賴利益之保護。同理，如同上說明，在不真正溯及既往之情形下，新修訂之法規命令，適用於已發生進行且尚未終結之基礎事實，所為之行政處分，必須兼顧利害關係人之信賴保護，始能謂合法。依上開二分法，真正「溯及既往」是「原則上禁止」；反之「不真正溯及既往」則是「原則上容許」，但將施行中之法令加以修正，而讓新法規所影響發生之新秩序有不真正溯及既往之效力，本應由立法者依職權裁量決定，同時，為前開職權裁量時，除應考慮案例事實尚未終結，且使已經存在之事實受到新法實施而發生秩序，該新法秩序之正當性外，且應注意新法秩序對尚未終結之案例事實，應併納入適當的(當事人)信賴保護措施，亦為當然。又前開之「真正溯 及既往」及「不真正溯及既往」之二分法，晚近當有以「法律效果的溯及生效」與「法律事實的回溯連結」加以分類，法律在「時間上之適用範圍」上，早於其「公布日」為「法律效果的溯及生效」，此種情形有法律溯及既往適用問題，因而應有特別的正當事由(相較於前述「不真正溯及既往」為「原則上容許」）；但法律在「時間上之適用範圍」上， 晚於其「公布日」，則不發生「法律溯及既往生效」問題，但因新法令的執行可能對於過去所發生事實或法律關係有所影響，故稱之為「法律事實的回溯連結」。再者，以「時間上之適用範圍」，區分「法律效果的溯及生效」與「法律事實的回溯連結」及分類，雖然使法令形式未將時間上的適用範圍往前溯及擴張，但似可經由「構成要件的界定」，將既存事實納入規範（亦即納入新法秩序的「事物上適用範圍」之中），以致於對既存事實造成重大的衝擊。因此，向未來生效的法令，對於既存事實的衝擊，也有必要納入「法令溯及適用」的概念加以討論；因此縱然採取「法律效果的溯及生效」與「法律事實的回溯連結」之「時間上適用範圍」分類，於適用新法時亦應裁量受法律變動影響當事人間之信賴保護原則，並應在新法上明文規定，始為合法。查系爭申請案之投資研發活動所支出金額係發生於102年度，投資抵減之申請係配合營所稅之年度作為抵減基準，惟系爭申請案係於103年6月3日始向被告申請，則被告依行為時投抵辦法第12條第2項規定，應於當年度營所稅結算申報期間截止日(即103年5月31日)後7個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，而被告係於104年2月17日作成原處分，揆諸前揭大法官解釋意旨及說明，本應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法(即申請時之投抵辦法二第2條之1第2款規定)，直接依據新法定其法律效果，縱原告之當年度研究發展活動及違反環境保護相關法令之違規事實發生於舊法時期，惟其僅係「法律事實之回溯連結」，並非新法規範效力之回溯適用，而改變其原有之法律效果，則被告就系爭申請案適用投抵辦法二第2條之1第2款規定，並未違反法律不溯及既往原則。原告主張原處分有違反法律禁止溯及既往原則，容屬一己主觀之見解，委無足取(臺北高等行政法院104年度訴字第1701號理由判決參照)。